En agosto del 2018 el Herbario del Sur de Bolivia es reconocido oficialmente como Instituto de Botánica y Ecología (INBOE-HSB) por resolución del Honorable Concejo Facultativo N° 026/2018 de la facultad de Ciencias Agrarias. El Instituto INBOE-HSB es patrimonio y componente clave de trabajo científico de la Universidad Mayor, Real y Pontificia de San Francisco Xavier de Chuquisaca y forma parte del organigrama de Servicios Centrales de Apoyo a la Investigación de la Facultad de Ciencias Agrarias. El Instituto alberga una colección de referencia del Sur de Bolivia y también es reconocida como una Institución Científica Autorizada a Nivel Nacional (ICA), mediante Resolución N° 026/09 del Estado Plurinacional de Bolivia.

Inicialmente, como Herbario se fundó el 8 de julio de 1998, como una acción para la conservación de la flora y vegetación, en respuesta a la necesidad de vacíos a iniciativas de investigación y centralización de información, en una base documentada de verificación a través de las muestras botánicas albergadas y preservadas en una colección científica.

Es así, que desde su nacimiento y con el fin de alcanzar las máximas exigencias científicas, El HSB se ha orientado hacia su reconocimiento internacional, propósito alcanzado en noviembre de 1999, quedando registrado en el Index herbariorum (Holmgren, P.K. y N. H. Holmgren, 1998) un catálogo internacional que reúne los herbarios oficiales de todo el mundo.

A los 24 años de labor investigativa ahora como INBOE-HSB ha consolidado una colección científica con ejemplares de muestras representativas de la flora de Bosques Montanos y Valles Secos Interandinos del Sur de Bolivia y Prepuna, además de plantas medicinales y con otros usos.
Las colecciones están creciendo continuamente gracias a la labor de investigación de docentes y estudiantes, así como donaciones, adquisiciones e intercambios de especímenes con otros herbarios nacionales e internacionales.